A Föld megváltozott. Húsz év telt el, mióta a világ vezetői feltétel nélkül letették a fegyvert az idegenek erői előtt, a bolygó utolsó védvonalát jelentő XCOM pedig megtizedelődött és szétszóródott.
Mostanra az idegenek uralják a Földet: csillogó városokat építenek, amelyek látszólag csodás jövőt ígérnek az emberiség számára, ám a valóság egy vészjósló tervet rejt, amelyben mindenkit megölnek, aki szembeszegül ezzel az új világrenddel.
Csak a világ mezsgyéjén élők rendelkeznek minimális szabadsággal. Ez az a hely, ahol egy csapat gyülekezik, hogy kiálljon az emberiségért. Az XCOM folyamatosan szökésben lévő, megmaradt erőinek meg kell találniuk a módját, hogy újraszervezzék soraikat, napvilágra hozzák a megszállás mögött álló alattomos tervet, és egyszer és mindenkorra véget vessenek az idegenek fenyegetésének.
