A Killing Floor 2-ben a játékosok leereszkednek a kontinentális Európába, ahol a Horzine Biotech sikertelen kísérlete által okozott járvány gyorsan elterjedt és megállíthatatlan lendületet kapott, lényegében megbénítva az Európai Uniót – Mindössze egy hónappal az eredeti Killing Floor eseményeinek befejezése után a minta klónok mindenütt jelen vannak, és a civilizáció zűrzavarban van, a kommunikáció meghiúsult, a kormányok összeomlottak, a katonai erőket pedig módszeresen felszámolták. Európa népe túl jól ismeri a túlélést és az önfenntartást, a szerencsés túlélők pedig elbújtak. Bár nem mindenki adta fel a reményt... Civilek és zsoldosok egy csoportja összefogott a járvány leküzdésére, és magánfinanszírozású hadműveleti bázisokat hozott létre Európa-szerte. A minta klónok kitörésének nyomon követésekor a játékosok leszállnak a zedekkel teli forró zónákra, és kiirtják őket.
