A Blackhole története szerint a Földet az univerzum összes feketelyuka fenyegeti, és csak akkor menthetjük meg a planétánkat, ha mindet elpusztítjuk. A játék kezdetén az utolsó küldetésbe csatlakozunk be, amikor egy katasztrófa történik: a hajónkat beszippantja a feketelyuk, de nem pusztítja el, hanem egy idegen környezetben ér földet a bárka, ami habár súlyos sérüléseket szenvedett, még javítható. A feladatunk tehát adott, meg kell találunk a javításokhoz szükséges alkatrészeket, illetve megmenteni a legénység tagjait, ám ezt könnyebb mondani, mint csinálni. A Blackhole a keményvonalas platformjátékok sorát bővít, és komoly kihívás elé állítja a játékosokat, amit gravitációs anomáliákkal fűszereztek meg. Ez annyit tesz, hogy a pálya bizonyos részeit érintve az egész világ fordul egyet, így a pontos ugrások mellett a pályák helyes orientációjának megtalálása is a feladatunk, ha tovább akarunk jutni.
